马拉色菌毛囊炎主要通过抗真菌药物治疗。一般来说，可选用酮康唑、伊曲康唑等抗真菌药物。
外用抗真菌药物
酮康唑洗剂：可以清洁皮肤，抑制马拉色菌生长，洗澡时将洗剂涂抹在患处，停留5 - 10分钟后冲洗干净，每周可使用2 - 3次。联苯苄唑乳膏：属于外用抗真菌药膏，直接涂抹在患处，每天1次，持续使用2 - 4周，能有效抑制马拉色菌。
口服抗真菌药物
伊曲康唑：是常用的口服抗真菌药，一般采用冲击疗法，连续服用1周左右，不过肝功能异常者需谨慎使用，使用前要检查肝功能。氟康唑：也可用于治疗马拉色菌毛囊炎，通常每周服用1 - 2次，连续服用数周，但同样要关注肝功能情况。
日常护理要点
保持皮肤清洁干燥： 马拉色菌喜欢温暖潮湿的环境，所以要经常洗澡，尤其是运动出汗后及时清洁皮肤，洗完澡后用干净的毛巾擦干，让皮肤保持干燥。建议每天洗澡1次，选择温和的沐浴产品。衣物选择： 穿着透气性好的棉质衣物，避免穿紧身不透气的衣物，防止局部环境潮湿，加重马拉色菌的繁殖。比如夏天尽量穿棉质短袖、短裤。避免搔抓： 搔抓患处可能会导致皮肤破损，引起感染扩散，所以要尽量避免用手搔抓患处。如果觉得瘙痒难忍，可以轻轻拍打来缓解。
特殊人群注意事项
儿童患者： 儿童使用抗真菌药物要格外谨慎，一般不优先选择口服抗真菌药，外用药物如联苯苄唑乳膏可以在医生指导下适当使用，且要密切观察用药后的反应。孕妇患者： 孕妇患马拉色菌毛囊炎时，外用药物相对更安全，如酮康唑洗剂可以在医生评估后谨慎使用，口服抗真菌药一般不建议使用，以免影响胎儿发育。