许多疾病都可能导致全身疼痛，比如流感、纤维肌痛综合征、自身免疫性疾病（如类风湿关节炎、系统性红斑狼疮等）、某些感染性疾病后期以及一些恶性肿瘤等情况都可能引发全身疼痛。
流感引起的全身疼痛
流感是由流感病毒引起的急性呼吸道传染病，感染后除了有发热、咳嗽、流涕等症状外，还常出现全身肌肉酸痛、乏力等表现，一般在感染后的1 - 2天内较为明显，这是因为病毒感染人体后引发炎症反应，导致全身肌肉等组织受累。
纤维肌痛综合征导致的全身疼痛
纤维肌痛综合征是一种常见的慢性软组织疼痛综合征，患者会出现广泛的全身疼痛，疼痛可遍布全身各个部位，且通常在晨起时较为明显，还可能伴有睡眠障碍、疲劳等症状，其具体机制尚不完全明确，但与神经内分泌、免疫系统等多方面异常有关。
自身免疫性疾病引发的全身疼痛
以类风湿关节炎为例，这是一种自身免疫介导的侵蚀性关节炎，除了关节部位的疼痛、肿胀、畸形外，患者还常伴有全身乏力、低热、肌肉疼痛等全身症状，自身免疫反应攻击自身组织，引发全身的炎症反应从而导致疼痛。系统性红斑狼疮患者也可能出现全身疼痛，同时还会有面部红斑、口腔溃疡、脱发等多种表现，自身抗体的产生破坏自身多个器官和组织，引起全身不适。
感染性疾病后期的全身疼痛
某些细菌、病毒等感染在急性期过后，可能会遗留全身疼痛的症状，例如EB病毒感染后，部分患者在恢复期可能会有全身肌肉酸痛等表现，这可能与感染引起的免疫调节紊乱等因素有关。
恶性肿瘤相关的全身疼痛
一些恶性肿瘤在进展过程中，可能会出现全身疼痛，这是因为肿瘤细胞释放一些致痛物质，或者肿瘤转移侵犯骨骼、周围组织等，例如肺癌、乳腺癌等晚期可能发生全身骨转移，引起全身骨骼疼痛等情况。