口腔囊肿的形成原因较多，一般认为可能与以下因素有关。首先，口腔黏膜的腺体导管堵塞是常见原因之一。比如，当唾液腺导管被结石、炎症等阻塞时，腺体分泌的液体无法正常排出，就会在局部潴留形成囊肿，这种情况在临床上并不少见。
一、发育异常导致的口腔囊肿
先天性发育异常： 部分口腔囊肿是由于胚胎发育时期的异常所致。例如，甲状舌管囊肿，它是在甲状腺发育过程中，甲状舌管退化不全，剩余上皮分泌物聚集而形成的囊肿，多发生于颈前正中区，从舌盲孔至胸骨切迹间的任何部位，但以舌骨上下部最为常见。还有皮样或表皮样囊肿，是由于胚胎发育时期遗留于组织中的上皮细胞发展而成，好发于口底、颏下等部位。
二、炎症刺激引发的口腔囊肿
根尖周囊肿： 这是一种常见的牙源性囊肿。当牙齿发生根尖周病变时，根尖部的肉芽肿，由于慢性炎症的刺激，引起牙周膜内的上皮残余增生，增生的上皮团块中央发生变性与液化，周围组织液不断渗出，逐渐形成囊肿。一般与龋齿、牙髓炎未及时治疗等有关，患牙多有变色、无活力等表现。黏液囊肿： 常因局部小唾液腺导管破裂或阻塞引起。比如，下唇、舌尖腹侧等部位，因经常受到咬伤或摩擦，导致黏液腺导管破裂，黏液外漏进入组织间隙而形成囊肿；或者导管阻塞，分泌物潴留，使导管扩张形成囊肿。
三、损伤相关的口腔囊肿
外伤性囊肿： 口腔受到外伤后，比如挫伤、撕裂伤等，组织内的血液、渗出液等潴留，也可能形成囊肿。例如，口腔内的血肿机化后，周围组织增生，形成含有液体的囊性肿物。还有医源性损伤导致的囊肿，如在口腔手术过程中，若对组织的处理不当，也可能引发囊肿样改变。