吃保胎药两天后仍有褐色分泌物，可能是多种原因导致。一般来说，这可能与保胎治疗过程中胚胎着床不稳定等因素有关。
原因一：胚胎着床相关因素
胚胎着床位置影响
着床位置较敏感：如果胚胎着床的位置相对比较靠近子宫的血管等位置，在保胎过程中，即使服用了保胎药，局部的微小血管可能仍有少量出血，就会表现为褐色分泌物。一般这种情况如果胚胎发育正常，随着保胎治疗的进行，可能会逐渐缓解。
胚胎发育自身情况
胚胎发育潜在问题：有时候胚胎自身存在一些微小的发育异常，即使进行保胎治疗，也可能无法完全阻止少量出血的情况。不过这并不意味着保胎没有意义，通过保胎可以尽量维持妊娠的稳定。
原因二：母体自身状况影响
激素水平波动
孕激素水平波动：保胎药主要是补充孕激素等，但是在保胎过程中，母体的激素水平可能会有一定的波动。如果孕激素水平没有达到非常稳定的状态，就可能导致子宫内膜有少量剥脱出血，表现为褐色分泌物。一般孕早期孕激素水平在25ng/ml以上相对比较稳定，如果低于这个数值，就容易出现这种情况。
子宫状态因素
子宫收缩影响：孕妇的子宫状态也很重要。如果子宫存在轻微的收缩，可能会导致局部的毛细血管破裂出血，即使吃了保胎药，子宫收缩可能不会立刻停止，所以还会有褐色分泌物。一般建议孕妇尽量多休息，避免剧烈活动，因为剧烈活动可能会加重子宫收缩。
原因三：保胎药使用相关因素
药物作用尚未完全发挥
药物起效需要时间：保胎药服用后并不是立刻就能完全控制出血情况。一般药物需要一定的时间在体内发挥作用，可能在服药后的1 - 2天内，药物的作用还没有完全显现出来，所以仍然会有褐色分泌物。通常需要连续服用保胎药一段时间后，才能看到出血情况明显改善。
个体对药物反应差异
不同个体反应不同：每个孕妇对保胎药的反应是有差异的。有些孕妇可能对药物比较敏感，用药后出血很快停止，而有些孕妇可能相对不那么敏感，在用药2天后 still有褐色分泌物。如果没有其他异常情况，可能需要继续按照医嘱服用保胎药，观察后续情况。