宝宝拉肚子后发高烧39度多不退，可能是由以下原因引起的：
1.感染：拉肚子后，肠道内的细菌或病毒可能会进入血液，引起全身性感染，导致高烧不退。
2.脱水：拉肚子会导致宝宝体内水分流失，如果不及时补充水分，可能会引起脱水，从而影响宝宝的体温调节功能，导致高烧不退。
3.炎症：拉肚子可能是肠道炎症引起的，炎症未得到控制，可能会导致高烧不退。
4.其他：宝宝可能还患有其他疾病，如肺炎、扁桃体炎等，也会导致高烧不退。
针对这种情况，可以采取以下措施帮助宝宝退烧：
1.物理降温：用温水擦拭宝宝的额头、颈部、腋窝、肘窝、腹股沟等部位，或者给宝宝洗温水澡，帮助宝宝散热。
2.药物降温：如果宝宝体温超过38.5℃，可以给宝宝服用退烧药，如布洛芬或对乙酰氨基酚等。但要注意按照药品说明书的剂量使用，不要超量服用。
3.补充水分：拉肚子会导致宝宝体内水分流失，要及时给宝宝补充水分，可以让宝宝多喝水，或者口服补液盐，以预防脱水。
4.就医治疗：如果宝宝高烧不退，或者出现精神萎靡、呼吸急促、抽搐等症状，应及时就医，进行血常规、大便常规等检查，明确病因，在医生的指导下进行治疗。
此外，在宝宝拉肚子期间，要注意饮食卫生，避免食用不洁食物，多喝水，注意腹部保暖。同时，要密切观察宝宝的病情变化，如有异常，应及时就医。