药流后头疼的原因包括正常现象，也可能与代谢功能问题、药流后大出血等有关。
一、正常现象：药物流产所使用的药物往往会有副作用，可能导致患者头疼。不同患者对这种副作用的反应各异，由于个体差异，有些患者对药物较为敏感，其头疼程度可能相对更严重。
二、代谢功能问题：药物进入患者体内后，需经过肝脏代谢再经肾脏排出。若患者肝功能或肾功能出现异常，会使药物在体内停留时间延长，进而导致药物持续发挥作用，刺激患者中枢神经系统，从而引发药物流产后的头疼。
三、药流后大出血：药流后大量出血会造成脑供血不足，以及身体因疲劳而引起头疼。
当出现药流后头疼的情况时，应及时就医，由医生明确病因，并在必要时进行相应治疗。
总之，药流后头疼可能由多种原因引起，要根据具体情况进行诊断和处理。