阴茎根部两侧皮肤有白色小疙瘩可能由多种原因引起。比如珍珠状阴茎丘疹，这是一种良性病变，多见于20 - 40岁左右的男性，表现为阴茎冠状沟周围或阴茎根部两侧出现白色小疙瘩，通常无自觉症状，一般不需要特殊治疗。
可能的原因一：珍珠状阴茎丘疹
病因： 目前认为可能与局部刺激有关，比如包皮过长、个人卫生状况不佳等因素可能有一定关联。特点： 皮损为白色、肤色或淡红色小丘疹，呈珍珠状，直径1 - 3毫米，沿冠状沟排列成一行或数行，互不融合。
可能的原因二：皮脂腺异位症
病因： 是由于皮脂腺发育的生理性变异和皮脂腺增生所致。表现： 多发生在阴茎龟头、包皮内板等部位，也可能出现在阴茎根部两侧，表现为无明显隆起的白色小疙瘩，针头大小，孤立或群集分布。
可能的原因三：尖锐湿疣
病因： 由人乳头瘤病毒（HPV）感染引起，主要通过性接触传播。特点： 初期为淡红色小丘疹，之后逐渐增大增多，可呈白色、粉红色或污灰色，表面易发生糜烂、渗液，多数患者无明显自觉症状，少数有异物感、灼痛、刺痒等。如果有不洁性生活史，出现这种情况需高度警惕。
可能的原因四：传染性软疣
病因： 由传染性软疣病毒感染引起，可通过直接接触传播或间接接触传播。表现： 皮损表现为白色、半球形丘疹，表面有蜡样光泽，中央有脐凹，能挤出乳酪样软疣小体。