婴儿乳糖不耐受主要表现为消化道相关症状。一般来说，婴儿乳糖不耐受时，常见的表现有腹泻，每天可能会腹泻数次甚至十数次，大便多为黄色或青绿色稀糊便，或呈蛋花汤样，泡沫多，有奶块。
消化道方面的表现
腹泻表现： 婴儿乳糖不耐受最典型的消化道症状就是腹泻。通常大便次数较多，可能一天会拉5 - 10次不等，大便的性状多为稀水样，有时候还会带有泡沫。比如有的婴儿可能刚刚喂完奶没多久就会出现排便，大便颜色可能是浅黄色或者绿色。腹胀表现： 婴儿还可能出现腹胀的情况。肚子看起来鼓鼓的，用手轻轻拍的时候能感觉到有比较明显的鼓音。这是因为肠道内乳糖不能被正常消化吸收，发酵产气导致肠道内气体增多，从而引起腹胀。
其他伴随表现
哭闹不安： 由于肠胃不适，婴儿可能会频繁哭闹。因为肚子不舒服，但是又无法用语言表达，只能通过哭闹来传达自己的不适。比如在喂奶后不久就开始持续哭闹，怎么安抚都不太容易。呕吐表现： 部分婴儿可能会出现呕吐症状。呕吐物多为奶液，有时候可能是刚刚吃进去的奶就吐出来了。这是因为肠道内的异常情况影响了胃肠的正常蠕动和消化功能，导致奶液反流引起呕吐。
不同类型的表现差异
原发性乳糖不耐受： 多在婴儿出生后就会出现相关症状，是由于婴儿体内缺乏乳糖酶或者乳糖酶活性低下引起的。从婴儿一吃含乳糖的食物（如母乳、普通配方奶）就开始出现上述消化道及其他不适表现。继发性乳糖不耐受： 往往是在婴儿患某些肠道疾病后出现，比如婴儿感染了轮状病毒等导致肠道黏膜受损，从而影响了乳糖酶的分泌和活性，一般在肠道疾病发生后的一段时间内出现类似腹泻、腹胀等乳糖不耐受的表现，而且症状的严重程度可能与肠道受损的程度有关。