益母草在使用不当等情况下可能会有一些副作用。一般来说，过量服用益母草可能会出现一些不适反应。
对消化系统的影响
胃肠道刺激： 部分人服用益母草后可能出现胃肠道不适，比如恶心、呕吐，有研究显示约5% - 10%的人在服用常规剂量益母草时会出现轻度的恶心症状，表现为上腹部有不适感，食欲可能会受到一定影响。腹泻： 个别人可能会出现腹泻情况，严重时一天可能会腹泻3 - 5次，这是因为益母草中的某些成分对肠道产生了刺激作用，影响了肠道的正常蠕动和消化吸收功能。
对心血管系统的影响
血压波动： 有研究发现，大剂量服用益母草可能会引起血压的波动，比如原本血压正常的人，在过量服用后可能出现血压轻度下降的情况，收缩压可能会下降10 - 20mmHg左右，但一般在停药后可恢复正常。心跳异常： 极少数人在服用益母草后可能出现心跳加快的现象，每分钟心跳次数可能会比正常情况增加10 - 15次，但这种情况相对较少见。
对生殖系统的影响
月经紊乱： 虽然益母草常用于调节月经，但如果不按照正确的适应证和剂量服用，可能会导致月经紊乱。比如原本月经规律的女性，在不当服用益母草后可能出现月经周期改变，提前或推迟1 - 2周，月经量也可能出现异常，过多或过少。孕妇风险： 孕妇是绝对禁止服用益母草的，因为益母草具有一定的兴奋子宫平滑肌的作用，可能会引起子宫收缩，增加流产的风险，无论是早期妊娠还是中晚期妊娠，都不可以使用益母草。
过敏反应方面
皮肤过敏： 个别人可能对益母草过敏，服用后出现皮肤过敏症状，如皮肤瘙痒，搔抓后会出现红色的皮疹，皮疹可分布在身体的多个部位，像手臂、腿部、背部等；还可能出现皮肤发红、肿胀等表现，严重时可能会出现局部的水肿。呼吸道过敏： 极少数人可能出现呼吸道过敏症状，如打喷嚏、流鼻涕、咳嗽，严重时可能会导致呼吸困难，这是因为过敏反应累及了呼吸道黏膜，引起了黏膜的水肿和炎症反应。