尿道肉阜的治疗方法需根据病情轻重等情况来定。一般较小且无症状的尿道肉阜可先观察，而有症状或较大的可能需要手术等治疗。
观察等待
对于体积较小、无症状的尿道肉阜，可选择观察等待。通常每3 - 6个月进行一次复查，观察肉阜的大小、形态等有无变化。在此期间，要注意保持外阴清洁，避免刺激性因素，如减少使用刺激性的卫生用品等。
药物治疗
雌激素治疗
对于绝经后女性的尿道肉阜，可局部使用雌激素药物。雌激素能改善局部的雌激素水平，可能使肉阜缩小。不过，使用雌激素药物需要在医生的指导下进行，因为雌激素使用不当可能有一定风险，比如增加某些疾病的发生风险等。一般会根据患者的具体情况，选择合适的雌激素制剂进行局部涂抹等。
其他药物
有时也会使用一些抗炎药物来缓解因尿道肉阜引起的局部炎症症状。但这类药物主要是对症处理，不能从根本上消除肉阜，一般是作为辅助治疗手段。例如局部使用一些具有抗炎作用的外用药膏等，但具体药物的使用需要医生根据患者情况开具。
手术治疗
切除术
对于较大、症状明显（如出现排尿不适、出血等）的尿道肉阜，可考虑行切除术。手术方式有多种，如简单的肉阜切除术等。手术一般在局部麻醉下进行，术后需要注意伤口的护理，保持局部清洁，预防感染。通常术后1 - 2周伤口可愈合。
电灼术
电灼术也是一种治疗尿道肉阜的方法。通过电灼的方式破坏肉阜组织，使其坏死脱落。这种方法相对创伤较小，但也需要注意操作的精准性，避免损伤周围正常组织。术后同样要注意局部护理，防止感染等并发症的发生。