畸胎瘤的治疗主要以手术切除为主。对于良性畸胎瘤，完整切除后一般预后良好。而恶性畸胎瘤除了手术，可能还需要结合其他治疗手段。
手术治疗为主
良性畸胎瘤手术： 一般采用患侧附件切除术、患侧畸胎瘤剥除术等。如果是年轻患者，尽量保留正常卵巢组织。手术通过腹腔镜或开腹进行，创伤相对较小，恢复较快。比如直径较小的卵巢良性畸胎瘤，多可通过腹腔镜手术切除。恶性畸胎瘤手术： 强调尽可能切除原发肿瘤及转移灶。由于恶性畸胎瘤容易复发和转移，手术范围可能较大，有时需要联合切除部分周围组织。术后还可能需要进一步治疗来防止复发。
不同部位畸胎瘤的治疗差异
卵巢畸胎瘤： 卵巢是常见的畸胎瘤发生部位。对于育龄女性的卵巢畸胎瘤，若为良性且希望保留生育功能，可行卵巢畸胎瘤剥除术；若年龄较大且无生育需求，可能会考虑患侧附件切除术。对于恶性卵巢畸胎瘤，除了彻底手术外，还需根据病情辅助其他治疗。睾丸畸胎瘤： 男性睾丸部位的畸胎瘤，治疗以手术为主。良性睾丸畸胎瘤需完整切除肿瘤，保留正常睾丸组织；恶性睾丸畸胎瘤则要扩大手术范围，术后可能需要进行化疗等综合治疗。颅内畸胎瘤： 颅内畸胎瘤的手术难度相对较大，因为肿瘤位于颅内重要结构附近。手术要在尽可能保留神经功能的前提下切除肿瘤。如果是恶性颅内畸胎瘤，术后往往需要辅助放疗等治疗来控制病情。
特殊人群的畸胎瘤治疗注意
儿童畸胎瘤： 儿童患畸胎瘤时，治疗需谨慎考虑。对于小儿的畸胎瘤，手术要尽量减少对身体生长发育的影响。如果是良性畸胎瘤，手术切除后恢复通常较好；若是恶性畸胎瘤，除了手术，化疗等治疗也要根据儿童的身体耐受情况来合理安排，因为儿童对化疗药物的耐受性与成人不同。妊娠期畸胎瘤： 妊娠期发现畸胎瘤时，需要根据孕周和肿瘤情况综合判断。如果肿瘤较小且无明显症状，可在产后再进行手术；如果肿瘤较大或有恶变倾向等情况，可能需要在合适的孕周进行手术，手术过程中要注意避免引起早产等不良后果。