HCG翻倍但孕酮降低可能是多种原因导致的。一般来说，正常妊娠时HCG会每48小时左右翻倍增长，而孕酮在妊娠早期由卵巢黄体分泌。如果出现HCG翻倍但孕酮降低，可能与胚胎因素有关，比如胚胎染色体异常，这种情况大约占自然流产原因的50%~60%；也可能是母体因素，像母体有内分泌失调，比如黄体功能不全，黄体功能不全时黄体分泌孕酮的能力下降，就可能出现这种情况，有研究显示约有23%~25%的复发性流产与黄体功能不全有关；另外，子宫因素也可能导致，比如子宫畸形等。
胚胎方面的原因
染色体异常： 胚胎染色体异常是常见原因。如果胚胎染色体出现数目或结构的异常，会影响胚胎的正常发育，进而可能导致孕酮分泌受影响。比如21 - 三体综合征等常见的染色体数目异常情况，就可能伴随孕酮降低而HCG仍翻倍的现象。胚胎发育不良： 即使HCG在正常翻倍，但如果胚胎自身发育出现问题，也可能影响孕酮的分泌。胚胎发育不良可能是多种因素综合作用的结果，包括胚胎自身基因问题等，这种情况下孕酮水平会相对降低。
母体内分泌因素
黄体功能不全： 黄体功能不全时，卵巢排卵后形成的黄体分泌孕酮的功能不足。正常妊娠早期，黄体持续分泌孕酮来维持妊娠。当黄体功能不全时，孕酮分泌量减少，而HCG因为胚胎滋养细胞正常发育还能保持翻倍增长。一般通过检测孕酮水平可以发现这种情况，若孕酮值低于正常孕周的水平，就要考虑黄体功能不全的可能。甲状腺功能异常： 甲状腺功能减退或亢进都可能影响孕酮的分泌。甲状腺激素对女性生殖内分泌有重要调节作用，甲状腺功能异常会干扰体内激素的平衡，进而影响孕酮的分泌。例如甲状腺功能减退时，身体的代谢等一系列功能受到影响，可能导致孕酮降低，而HCG由于胚胎正常发育还能保持翻倍。
子宫相关因素
子宫畸形： 像纵隔子宫等子宫畸形情况，会影响胚胎的着床和发育环境。子宫内环境不佳可能影响孕酮的正常分泌，而HCG因为胚胎滋养细胞开始分泌且发育相对正常还能出现翻倍情况。子宫畸形可能在孕前通过超声等检查发现，对于有子宫畸形的女性怀孕后，要密切关注孕酮和HCG的变化情况。子宫内膜病变： 子宫内膜炎、子宫内膜息肉等子宫内膜病变会影响胚胎的着床和发育。子宫内膜是胚胎着床的重要场所，病变的子宫内膜可能不利于孕酮的维持，而HCG由于胚胎开始分泌且发育初期还能保持翻倍增长。比如子宫内膜炎会导致子宫内膜的微环境改变，影响孕酮的分泌，进而出现HCG翻倍孕酮降低的情况。