无痛肠镜和普通肠镜主要有以下区别：
一、药物使用：
1.无痛肠镜通常会给患者应用麻醉药物，以引发中枢抑制，使患者处于安静、不焦虑或入睡状态。其中全身麻醉药相对局部麻醉药存在额外的麻醉风险，术前需进行麻醉评估。
2.普通肠镜主要使用局部麻药来麻醉肛管黏膜。
二、患者的清醒状况：
1.因药物作用，无痛肠镜患者会处于麻醉状态，做检查时或是处于入睡状态，或是处于镇痛镇静状态，对检查过程往往容易遗忘。
2.普通肠镜患者在检查过程中则全程保持清醒，记忆较为清晰。
三、不适感：
1.无痛肠镜中的麻醉药可显著减少患者做肠镜检查时的不适感。
2.普通肠镜检查的患者则可能会出现腹胀、腹痛等不适感。
总之，无痛肠镜和普通肠镜在药物使用、患者清醒状态和检查时的不适感等方面存在明显差异，患者可根据自身情况选择合适的肠镜检查方式。