女性肾囊肿的发病原因目前尚未完全明确，不过有多种因素可能与之相关。一般认为，遗传因素是其中一个重要方面，比如常染色体显性多囊肾病，约有50%的患者是由基因突变导致的，这种疾病具有一定的遗传倾向，家族中有相关病史的女性患病风险相对较高。
先天发育异常导致
肾小管憩室演变：在胎儿发育时期，肾小管憩室可能会逐渐演变形成肾囊肿。正常的肾小管结构如果出现发育上的异常，就可能形成这种憩室，随着时间推移，憩室不断扩大就发展成为肾囊肿。胚胎期组织分化问题：胚胎在发育过程中，肾脏组织的分化如果出现差错，也可能引发肾囊肿相关的结构异常，从而增加女性患肾囊肿的几率。
后天因素影响
感染因素：肾脏受到细菌、病毒等病原体感染后，可能会影响肾脏的正常结构和功能。例如，反复的泌尿系统感染，炎症长期刺激肾脏组织，就可能导致肾囊肿的形成。有研究发现，长期处于泌尿系统感染环境中的女性，肾囊肿的发病风险比一般人群要高一些。不良生活方式：长期熬夜、过度劳累等不良生活方式会影响身体的免疫力和新陈代谢。免疫力下降时，肾脏更容易受到各种因素的侵袭，新陈代谢紊乱也可能干扰肾脏组织的正常代谢，进而增加肾囊肿的发病风险。另外，长期高盐饮食会加重肾脏的负担，也可能对肾脏结构产生不良影响，增加肾囊肿发生的可能性。