藿香正气水不能治疗灰指甲。灰指甲是由真菌感染甲板或甲床引起的疾病，具有传染性。藿香正气水主要用于治疗外感风寒、内伤湿滞或夏季受到寒湿引起的感冒、呕吐、腹泻等症状，没有抗真菌的作用。
治疗灰指甲需要使用抗真菌药物，以下是一些常用的治疗方法：
1.外用药物：如阿莫罗芬搽剂、环吡酮胺甲涂剂等，可直接涂抹在指甲上，需要坚持使用数月。
2.口服药物：如伊曲康唑、特比萘芬等，对于严重的灰指甲可能需要口服药物治疗。口服药物需要在医生的指导下使用，并且可能会有一些副作用。
3.手术治疗：在药物治疗无效或指甲严重受损的情况下，可能需要进行手术拔除病甲。
此外，保持指甲清洁、干燥，避免与他人共用指甲刀、拖鞋等物品，也有助于预防灰指甲的传播和复发。如果怀疑自己患有灰指甲，应及时就医，确诊后进行相应的治疗。同时，要注意遵循医生的建议，按时用药，并注意药物的副作用。如果对治疗有任何疑问，应咨询医生。