支原体肺炎可能会传染，也可能不会传染，可通过多种方式对两个孩子进行隔离。具体如下：
一、支原体肺炎：是原发性非典型肺炎，主要通过呼吸道飞沫传染。支原体肺炎患者为传染源，咳嗽、打喷嚏时会排出带有支原体的飞沫。若近距离或长期密切接触患者，可能感染支原体而被传染支原体肺炎；若未近距离或长期接触，则可能不会被传染。
1.传染的具体情况：
(1)可能传染：近距离或长期接触时。
(2)可能不传染：没有近距离或长期接触时。
二、隔离方式：如果有两个孩子，不管是一个还是两个孩子患支原体肺炎，都可通过以下方式隔离。
1.单独分配房间，避免近距离接触。
2.佩戴口罩，减少飞沫传播。
3.做好室内消毒工作，降低病毒存在。
4.保持室内通风，改善空气质量。
总之，支原体肺炎存在传染的可能性，要根据具体情况判断，而对于有两个孩子的情况，通过合理的隔离措施能减少传染风险。