前庭大腺囊肿主要是由于前庭大腺管开口部阻塞，分泌物积聚于腺腔而形成。前庭大腺管阻塞的常见原因有以下几方面。
炎症因素
感染引发阻塞：当女性发生外阴炎、阴道炎等炎症时，炎症可能蔓延至前庭大腺，引起前庭大腺炎。急性炎症发作时，腺管周围组织肿胀，或因炎性渗出物凝聚而阻塞腺管，导致分泌物无法排出，进而形成囊肿。例如，在一些妇科炎症高发的时期，如女性经期卫生护理不当等情况下，就容易引发此类炎症导致阻塞。
腺管损伤
外伤导致阻塞：会阴部受到外伤，比如性生活时过于剧烈等情况，可能会导致前庭大腺管损伤，之后腺管愈合过程中发生狭窄，从而引起分泌物排出不畅，形成囊肿。另外，分娩时会阴与阴道裂伤后形成的瘢痕组织阻塞腺管口，或者会阴侧切时损伤了前庭大腺管，也可能引发囊肿。
腺管堵塞
先天性腺管狭窄或闭锁：部分女性可能存在先天性的前庭大腺管狭窄或闭锁情况，这就使得腺体分泌物难以正常排出，长时间积聚后就会形成囊肿。这种先天性的因素相对比较少见，但确实存在。
其他因素
分泌物黏稠：个别女性前庭大腺分泌的分泌物本身比较黏稠，也容易导致腺管阻塞，进而形成囊肿。还有一些情况是，前庭大腺管内的上皮细胞增生，也可能引起腺管阻塞，最终导致前庭大腺囊肿的形成。