新生儿拉肚子可能由多种原因引起。一般来说，新生儿消化系统发育尚不完善，一些微小的因素都可能导致拉肚子。比如，母乳喂养的新生儿，若妈妈饮食结构不合理，有30%左右的可能会引起新生儿拉肚子；而配方奶喂养的新生儿，若奶粉冲泡不当，也容易出现拉肚子情况。
喂养因素导致的拉肚子
母乳喂养不当： 如果妈妈吃了过多油腻、辛辣的食物，比如一次性吃了大量辣椒，这些食物成分可能通过乳汁影响新生儿，导致新生儿拉肚子。另外，妈妈喂奶时间不规律，频繁更换喂奶时间，也可能打乱新生儿的消化节奏，引发拉肚子。配方奶问题： 配方奶冲泡浓度不合适，过浓或过稀都会影响新生儿消化。过浓的配方奶会加重新生儿肠道负担，而过稀则会导致新生儿营养摄入不足，进而引起拉肚子。还有，配方奶温度不适宜，太冷或太热的奶喂给新生儿，也容易刺激肠道，导致拉肚子。
腹部受凉引起的拉肚子
新生儿腹部保暖不当，比如晚上睡觉踢开被子，腹部暴露在冷空气中，就会使肠道蠕动加快，从而出现拉肚子的情况。尤其是在季节更替时，气温变化较大，如果没有及时给新生儿增添衣物，腹部很容易受凉引发拉肚子，这种情况在夜间尤为常见。
感染因素导致的拉肚子
病毒感染： 轮状病毒是常见的引起新生儿拉肚子的病毒之一。新生儿接触到轮状病毒后，一般1-3天内就可能出现拉肚子症状，大便多为水样或蛋花汤样。另外，诺如病毒也可能导致新生儿感染拉肚子，感染后新生儿会出现频繁拉肚子、呕吐等症状。细菌感染： 如大肠杆菌感染，新生儿食用了被大肠杆菌污染的奶品或食物后，会引起肠道炎症，出现拉肚子现象，大便可能带有黏液或脓血。还有沙门氏菌感染，也会导致新生儿肠道感染拉肚子，症状轻重不一，可能伴有发热等情况。