新生儿败血症主要是细菌等病原体侵入新生儿血液并生长繁殖，产生毒素而造成的全身感染。据统计，新生儿败血症的发生率约为活产婴儿的0.1%~1%，早产儿中发生率更高。
病原体侵入途径：
产前感染： 母亲孕期有感染，如细菌可通过胎盘传给胎儿，像孕妇有泌尿系统感染等情况，细菌可能经血液循环传递给胎儿。母亲生殖道有细菌感染，比如B族链球菌等，在分娩过程中胎儿吸入或吞下被污染的羊水，也可能引发感染。产时感染： 分娩过程中，产程延长、胎膜早破等情况，细菌容易从母亲生殖道上行感染胎儿。比如胎膜早破超过12~24小时，新生儿感染的风险会明显增加，可能达到30%左右。产后感染： 这是新生儿败血症较常见的感染途径。比如脐部感染，新生儿的脐部是一个开放的创口，如果护理不当，细菌容易从脐部侵入血液。像用不洁的纱布包扎脐部，或者洗澡时脐部被水浸湿后未及时干燥处理，都可能让细菌滋生。还有皮肤、黏膜感染，新生儿皮肤娇嫩，若有破损，细菌可通过破损处进入血液，比如新生儿有脓疱疮，脓疱中的细菌就可能进入血液循环引发败血症；另外，呼吸道、消化道感染也可能导致细菌进入血液，比如新生儿肺炎时，细菌可通过肺泡毛细血管进入血液。
新生儿自身因素：
新生儿免疫系统发育不完善，尤其是早产儿、低出生体重儿，免疫功能更差。他们的中性粒细胞产生及储备均少，杀菌能力弱；单核-巨噬细胞系统功能不足，白细胞对细菌的吞噬作用较弱，难以有效清除入侵的细菌，所以更容易发生感染并发展为败血症。而且新生儿血中补体少，调理素低，趋化因子活性低，也不利于清除细菌。