精液囊肿多数情况下不会影响生育，但也有少数情况可能有影响。一般来说，较小的精液囊肿通常对生育影响不大，大约有80%左右的精液囊肿患者生育功能是正常的。
精液囊肿对生育的影响与囊肿大小相关
较小的精液囊肿：如果精液囊肿比较小，直径在1厘米以内，通常不会阻塞精子的排出通道，对精液的质量和精子的活动力等一般没有明显影响，也就不会影响生育。这类囊肿往往没有明显症状，可能在体检时偶然被发现。较大的精液囊肿：当精液囊肿较大时，直径超过2厘米甚至更大，就有可能压迫睾丸和附睾，影响睾丸的生精功能以及附睾对精子的成熟和运输作用。比如，较大的囊肿可能会导致局部血液循环障碍，使得睾丸产生精子的微环境受到破坏，进而影响精子的数量和活力，这种情况下就可能对生育有一定影响，大约有20%左右的较大精液囊肿患者可能出现生育方面的问题。
精液囊肿对生育的影响与囊肿位置有关
位于睾丸头部的精液囊肿：如果精液囊肿长在睾丸头部，相对来说对睾丸实质的压迫可能相对较小，对生育功能的影响相对也较小。因为睾丸头部主要是一些附属结构，对睾丸整体的生精等功能影响相对有限。位于睾丸尾部或附睾部位的精液囊肿：如果精液囊肿长在睾丸尾部或者附睾部位，由于附睾是储存和输送精子的重要场所，囊肿可能会直接影响精子在附睾内的成熟和运输。例如，囊肿可能会阻塞附睾管，导致精子无法顺利通过附睾，从而影响生育。这种情况下，对生育的影响相对较大，可能会明显降低受孕的几率。
精液囊肿对生育的影响还与是否合并其他疾病有关
合并附睾炎的精液囊肿：如果精液囊肿合并有附睾炎，炎症会进一步影响睾丸和附睾的功能。附睾炎会导致局部组织充血、水肿，不仅会加重精液囊肿对睾丸和附睾的压迫，还会直接损害生精细胞和附睾内的精子储存及运输结构，使得生育受到更严重的影响。这种情况下，患者生育能力受影响的概率会大大增加，可能远远超过单纯精液囊肿对生育的影响。合并精索静脉曲张的精液囊肿：当精液囊肿合并精索静脉曲张时，两种疾病相互作用，会更加不利于生育。精索静脉曲张会导致睾丸温度升高、静脉血淤滞等，影响精子的生成和质量，而精液囊肿又可能加重局部的异常环境，双重打击下，生育功能受到的影响就更为显著，患者受孕的难度会明显加大。