扁桃体炎常用的药物主要是抗生素类，比如细菌感染引起的扁桃体炎，一般会使用青霉素类药物，像青霉素V钾片，它能抑制细菌细胞壁合成，从而发挥杀菌作用。如果对青霉素过敏，可以选用头孢类抗生素，如头孢拉定胶囊等。一般来说，经过规范用药，大多数扁桃体炎患者能在数天内症状有所缓解。
细菌感染引发的扁桃体炎用药
青霉素类药物：青霉素V钾片是常用的青霉素类，通过干扰细菌细胞壁合成来杀菌，对敏感菌引起的扁桃体炎有较好疗效。头孢类药物：头孢拉定胶囊属于第一代头孢菌素，对多种细菌有抗菌活性，能用于治疗细菌感染导致的扁桃体炎。
病毒感染引发的扁桃体炎用药
抗病毒药物：如果是病毒感染引起的扁桃体炎，可使用利巴韦林，它能抑制病毒核酸合成，起到抗病毒作用，但一般病毒感染有自限性，症状较轻时可能仅需对症治疗。
对症治疗的药物
解热镇痛药：当扁桃体炎伴有发热、咽痛时，可使用对乙酰氨基酚，它能通过抑制前列腺素合成发挥解热镇痛作用，成人常用剂量下能有效缓解症状，儿童需根据体重等调整剂量。含漱液：复方硼砂含漱液可用于含漱，能清洁口腔、杀菌消炎，减轻扁桃体炎引起的局部不适，含漱时要注意按照说明书正确使用。
特殊人群用药注意
儿童患者：儿童使用抗生素时要谨慎，比如青霉素类药物，儿童用药需根据体重计算剂量，而且要密切观察是否有过敏等不良反应；对于解热镇痛药，儿童使用对乙酰氨基酚时要严格按照年龄和体重对应的剂量服用，避免过量。孕妇患者：孕妇患扁桃体炎用药更需谨慎，选择药物时要考虑对胎儿的影响，比如青霉素类相对较为安全，但也需在医生指导下使用，不能自行随意用药。