生理性腹泻多发生在6个月以下的婴儿，主要是因为婴儿的消化系统发育还不完善引起的。婴儿的胃肠道功能比较娇嫩，对母乳或配方奶中的某些成分消化吸收不完全，就可能出现生理性腹泻。
肠道发育特点相关
肠道屏障功能未完善： 6个月以内婴儿的肠道黏膜屏障功能还不够成熟，对外来的食物蛋白等物质的耐受能力较差。比如母乳中的某些蛋白质成分，婴儿的肠道不能很好地处理，就可能引发生理性腹泻。消化酶分泌不足： 这个阶段婴儿的消化酶分泌相对不足，对母乳或配方奶中的营养物质消化不完全。像乳糖酶的分泌可能不够充足，当婴儿摄入含乳糖的母乳或配方奶时，未被充分消化的乳糖在肠道内被细菌分解，产生气体和酸性物质，刺激肠道蠕动加快，导致腹泻。
母乳喂养因素
母乳成分影响： 母乳中含有丰富的免疫球蛋白和生长因子等，但有些母乳中的前列腺素含量较高，前列腺素会促进肠道蠕动，使得婴儿排便次数增多，出现生理性腹泻。有研究发现，约有部分6个月内纯母乳喂养的婴儿会出现生理性腹泻情况。母乳喂养频率： 母乳喂养频率过高时，婴儿肠道受到的刺激相对频繁，也可能加重生理性腹泻的表现。比如有些婴儿喂养过于频繁，肠道来不及充分消化吸收，就容易出现腹泻症状。
个体差异方面
遗传因素： 有些婴儿可能存在一定的遗传易感性，其家族中可能有类似生理性腹泻的情况发生。遗传因素可能影响婴儿肠道的发育和消化功能，使得婴儿更容易出现生理性腹泻。自身免疫状态： 婴儿自身的免疫状态在生理性腹泻的发生中也有一定作用。免疫状态相对较弱的婴儿，肠道对食物成分的反应可能更敏感，更容易出现生理性腹泻的表现。