指甲出现坑坑洼洼可能由多种疾病引起，主要包括以下几种情况。
一、甲癣：这是一种常见的指甲疾病。患有甲癣的患者，其指甲通常会有发黄、增厚的表现，甲板上还可能出现白点以及凹陷等症状。因为甲癣会导致指甲的正常结构和形态受到破坏，所以指甲上出现坑坑洼洼很可能是由甲癣引发的。
二、红皮病：该疾病属于炎症性疾病。患者的指甲往往会出现萎缩，同时伴有甲凹点以及甲横沟等现象。这些指甲的异常表现是红皮病的特征之一。
三、银屑病甲：此疾病主要是由于银屑病累及到甲母质以及甲床，致使角化出现异常而形成的。当银屑病影响到指甲部位时，就可能导致指甲出现各种问题，包括坑坑洼洼。
总之，当发现指甲有坑坑洼洼的情况时，要考虑可能是上述这些疾病导致的，应及时就医进行准确的诊断和相应的治疗。