腔隙性脑梗塞的治疗药物需根据具体病情来选，一般常用的有抗血小板聚集药物，像阿司匹林，有研究显示它能降低约1/4的腔隙性脑梗塞复发风险；还有氯吡格雷，也可起到抗血小板聚集作用，减少血栓形成风险。
抗血小板聚集药物：
阿司匹林： 属于非甾体抗炎药类抗血小板药物，通过抑制血小板的环氧化酶，减少血栓素A2的生成，从而发挥抗血小板聚集作用，可降低腔隙性脑梗塞复发风险，但部分人服用后可能出现胃肠道不适，如恶心、呕吐等。氯吡格雷： 是一种二磷酸腺苷P2Y12受体拮抗剂，能选择性地抑制二磷酸腺苷（ADP）与血小板受体的结合及继发的ADP介导的糖蛋白GPⅡb/Ⅲa复合物的活化，从而抑制血小板聚集。它的胃肠道反应相对阿司匹林可能轻一些，但价格相对较高。
改善脑循环药物：
丁苯酞软胶囊： 可通过促进脑血管新生，改善脑缺血区的微循环和血流量，增加缺血区毛细血管密度，从而改善脑缺血区的供血供氧。对腔隙性脑梗塞患者的神经功能缺损有一定的改善作用，常见的不良反应有转氨酶轻度升高，可在停药后恢复。银杏叶提取物： 能改善脑血液循环和脑细胞代谢，增加脑血流量，降低血管阻力，提高红细胞的可塑性，改善血液流变学。它可以辅助改善腔隙性脑梗塞患者的一些症状，一般不良反应较少，偶有胃肠道不适等。
控制基础疾病药物：
降压药： 如果患者伴有高血压，需要使用降压药物来控制血压，如氨氯地平，它是一种钙通道阻滞剂，能阻断血管平滑肌细胞的钙离子内流，松弛血管平滑肌，起到降压作用，一般每天服用一次，可平稳控制24小时血压，但部分人可能出现头痛、水肿等不良反应。降糖药： 若患者有糖尿病，需根据病情选用合适的降糖药，像二甲双胍，它可降低2型糖尿病患者空腹及餐后高血糖，通过抑制肝糖原异生和糖原分解，增加周围组织对葡萄糖的摄取和利用而发挥作用，常见的不良反应有消化道反应，如腹泻、恶心、呕吐等。他汀类药物： 如阿托伐他汀，它可以降低血脂，尤其是低密度脂蛋白胆固醇，还具有稳定斑块的作用，能减少腔隙性脑梗塞的复发风险。但服用期间需要定期监测肝功能，部分人可能出现肌肉疼痛等不良反应。