宝宝三个月大时脖子软可能由以下原因引起：
1.颈部肌肉发育不完善：宝宝的颈部肌肉在三个月时还不够强壮，无法完全支撑头部的重量。这是正常的生理现象，随着宝宝的成长和发育，颈部肌肉会逐渐变强，脖子也会变得更硬挺。
2.神经系统问题：如果宝宝存在神经系统问题，如脑瘫或脊髓灰质炎等，可能会影响颈部肌肉的发育和功能，导致脖子软。
3.营养不良：宝宝如果缺乏某些营养素，如维生素D和钙，可能会影响骨骼和肌肉的发育，导致脖子软。
4.疾病：某些疾病，如先天性甲状腺功能减退症、脑积水等，也可能导致宝宝脖子软。
针对宝宝脖子软的问题，建议采取以下措施：
1.多让宝宝趴着：趴着可以锻炼宝宝的颈部肌肉，帮助增强颈部力量。
2.给宝宝提供适当的支撑：在宝宝睡觉或玩耍时，可以使用适当的支撑物，如枕头或靠垫，减轻颈部的压力。
3.确保宝宝摄入足够的营养：母乳喂养的妈妈可以注意饮食，确保摄入足够的维生素D和钙。如果宝宝已经开始添加辅食，可以逐渐引入富含这些营养素的食物。
4.定期带宝宝去医院检查：如果宝宝脖子软的情况持续存在或伴有其他异常症状，如抽搐、呼吸困难等，应及时带宝宝去医院检查，以排除任何潜在的健康问题。
需要注意的是，每个宝宝的发育情况都有所不同，如果家长对宝宝的发育情况感到担忧，最好咨询医生的意见。医生可以根据宝宝的具体情况进行评估，并提供个性化的建议和指导。