前庭大腺囊肿主要是由于前庭大腺管开口阻塞，分泌物积聚而成。前庭大腺管开口堵塞的原因有多种，比如在性生活不注意卫生、分娩时会阴与阴道裂伤后形成的瘢痕组织阻塞腺管口，或者是前庭大腺脓肿消退后，腺管阻塞，脓液吸收后由黏液分泌物替代而形成囊肿。
炎症感染导致堵塞
炎症急性期：当女性生殖系统受到细菌等病原体感染时，比如患上阴道炎、宫颈炎等疾病，炎症可能蔓延到前庭大腺，引发前庭大腺炎。在炎症急性期，腺管会因为炎症充血、水肿而发生阻塞，分泌物无法正常排出，就有可能形成囊肿。例如，有研究发现，约有一定比例的前庭大腺囊肿患者在发病前有过妇科炎症发作史。慢性炎症影响：如果前庭大腺炎没有得到及时有效的治疗，转为慢性炎症，腺管会反复受到刺激，导致管腔狭窄，同样会阻碍分泌物的排出，久而久之就容易形成囊肿。
腺管损伤引发堵塞
分娩损伤：女性在分娩过程中，比如顺产时，会阴和阴道可能会有裂伤，这些裂伤愈合后形成的瘢痕组织有可能阻塞前庭大腺管。据统计，分娩导致前庭大腺管堵塞从而引发囊肿的情况占一定比例。例如，在产后复查的产妇中，能发现部分产妇存在因分娩损伤导致前庭大腺管阻塞进而形成囊肿的情况。外伤因素：会阴部受到外力撞击等外伤时，也可能造成前庭大腺管损伤，使得腺管堵塞，分泌物积聚形成囊肿。比如一些女性在运动或意外碰撞会阴部后，就有可能出现这种情况。
腺管先天性狭窄或闭锁
先天性因素：部分女性的前庭大腺管天生比较狭窄或者闭锁，这就使得分泌物无法正常排出，长期积聚后就会形成囊肿。这种先天性的问题从出生就存在，只是可能在青春期后或者育龄期才逐渐表现出来。一般来说，先天性前庭大腺管异常导致囊肿的情况相对较少，但也是导致前庭大腺囊肿的一个原因。