扁平疣主要是由人乳头瘤病毒（HPV）感染引起的，尤其是HPV - 3型、HPV - 5型等亚型。一般来说，当皮肤有微小破损时，HPV就容易入侵并感染上皮细胞，进而导致扁平疣的发生。
病毒的传播途径
直接接触传播： 比如与扁平疣患者直接握手，就有可能被传染。因为患者皮肤表面存在病毒，直接接触时病毒容易通过皮肤的微小裂隙进入健康人的皮肤内。间接接触传播： 使用扁平疣患者用过的毛巾、浴巾等个人物品，也有感染的风险。如果健康人的皮肤有破损，接触到被病毒污染的物品后，病毒就可能趁机侵入。
易患人群特点
青少年群体： 青少年的免疫系统相对还不够完善，皮肤的屏障功能也不是特别成熟，所以更容易感染HPV引发扁平疣。据统计，16 - 30岁的青少年患扁平疣的概率相对较高。免疫力低下者： 像长期患有慢性疾病、正在接受免疫抑制治疗（如器官移植后服用免疫抑制剂）的人，他们的身体免疫力较低，抵御HPV感染的能力减弱，也就更容易患上扁平疣。
皮肤状态与发病关系
皮肤破损时： 当皮肤因为搔抓、外伤等原因出现破损时，HPV更容易感染皮肤细胞。例如，有的人皮肤被划伤后没有及时处理，此时如果接触到HPV，就增加了患扁平疣的可能性。皮肤油脂分泌情况： 皮肤油脂分泌旺盛的人，皮肤环境相对更适合HPV的存活和繁殖。比如一些青春期皮脂腺分泌活跃的人，相比皮肤干燥的人，患扁平疣的几率可能会稍高一些。