孕酮低可能由多种原因造成。一般来说，女性黄体功能不全是常见原因之一，比如卵巢黄体发育不全时，就可能导致孕酮分泌不足。另外，内分泌失调也可能引发孕酮低，像甲状腺功能异常等内分泌疾病，会干扰孕酮的正常分泌。还有一些情况是胚胎自身因素，若胚胎质量不佳，也可能影响母体孕酮水平。
黄体相关因素：
卵巢黄体功能不足： 卵巢的黄体主要职责是分泌孕酮，如果黄体本身发育不完善，其分泌孕酮的能力就会下降，从而导致孕酮水平偏低。正常情况下，黄体期一般持续约14天左右，若黄体期缩短，往往就会伴随孕酮低的情况。垂体分泌功能异常： 垂体分泌的促黄体生成素等激素对黄体的功能有调节作用，如果垂体分泌这些激素出现异常，也会影响黄体分泌孕酮，进而使得孕酮水平降低。
内分泌系统影响：
甲状腺功能异常： 甲状腺分泌的激素会参与人体多种代谢调节，当甲状腺功能减退时，会影响到整个内分泌系统的平衡，可能导致孕酮合成减少，出现孕酮低的状况。研究发现，约有一定比例的甲状腺功能异常患者会伴随孕酮水平偏低的情况。肾上腺功能紊乱： 肾上腺分泌的一些激素也会对孕酮的代谢等产生影响，若肾上腺功能出现紊乱，比如肾上腺皮质功能亢进等，可能会干扰孕酮的正常分泌过程，导致孕酮低。
胚胎因素：
胚胎质量不佳： 如果胚胎本身存在染色体异常等问题，发育不太正常，就可能会影响母体的内分泌环境，使得母体孕酮分泌受到影响，出现孕酮低的现象。这种情况在早期妊娠中并不少见，据统计，部分早期流产的情况就与胚胎质量不佳导致的孕酮低有关。胚胎着床异常： 当胚胎着床过程不顺利时，也可能影响到母体孕酮的分泌，进而出现孕酮低的情况。比如胚胎着床位置不佳等，都可能引发相关问题。