药物流产最佳时间是在怀孕49天内。以下对相关内容进行详细阐述：
一、在怀孕49天内适合早孕药流，此时孕囊在子宫壁较易脱落。
1.药物流产使用的药物主要是米非司酮和米索前列醇。
(1)在怀孕49天内，孕囊大小合适，通常既有胎芽也有胎心，进行药物流产时，利用药物的收缩作用可促使孕囊从子宫壁脱落，从而达到流产目的。
(2)若孕囊过小，药物剂量也相应较小，可能达不到理想治疗效果，易出现残留情况。
(3)若孕囊较大，则可能导致孕囊难以从子宫壁脱落。
二、进行药物流产前需去医院做妇科B超以确定宫内孕。
三、药流后要注意休息，一个月内禁止性生活，且需在药流10天后去医院复查，听从医生指导意见。
总之，药物流产要把握好怀孕49天内这个时间节点，术前做好检查，术后做好护理和复查。