胃肠神经官能症的治疗需要综合多方面因素，一般可以通过药物治疗、心理治疗、生活方式调整等来改善。通常会根据患者不同的症状表现选择相应的治疗方法，比如出现腹痛症状时可能会用一些调节胃肠动力的药物等。
药物治疗有侧重
调节胃肠动力药物： 对于胃肠蠕动紊乱的情况，常用多潘立酮，它能促进胃肠蠕动，帮助改善腹胀、恶心等症状。还有莫沙必利，也可增强胃肠动力，缓解消化不良相关问题。调节肠道菌群药物： 当肠道菌群失调时，可使用双歧杆菌四联活菌片，它能补充有益菌，调节肠道菌群平衡，改善腹泻、便秘等肠道功能紊乱症状。还有枯草杆菌二联活菌颗粒，同样有助于调整肠道菌群状态。
心理治疗不可少
认知行为疗法： 通过帮助患者认识不良的思维和行为模式，进行纠正，从而缓解因胃肠神经官能症带来的心理压力。比如患者因肠胃不适过度担忧，通过认知行为疗法让其正确看待胃肠的一些正常生理反应，减轻焦虑情绪。放松疗法： 像深呼吸放松法，患者可以每天花10 - 15分钟进行深呼吸，吸气时腹部隆起，呼气时腹部收缩，帮助放松身心，减轻胃肠神经官能症相关的躯体症状。还有渐进性肌肉松弛法，通过逐步紧张和放松不同部位的肌肉，达到全身放松，缓解因神经紧张导致的胃肠不适。
生活方式要调整
饮食规律： 每天要定时进餐，保证一日三餐规律进行。例如早餐在7 - 8点左右，午餐在11 - 12点，晚餐在18 - 19点，让胃肠形成良好的消化节奏。同时要注意饮食量适中，避免过饱或过饥。避免刺激性食物： 要减少食用辛辣、油腻、咖啡、浓茶等刺激性食物。比如辣椒会刺激胃肠黏膜，容易加重胃肠不适；油炸食品难以消化，也会增加胃肠负担；咖啡和浓茶中的咖啡因等成分可能会影响胃肠功能，应尽量避免过多摄入。