肛瘘是肛管或直肠与肛周皮肤相通的肉芽肿性管道，主要症状表现多样。首先，肛瘘最常见的症状是肛周反复流脓，脓液量多少不定，当脓液排出不畅时，局部会肿痛，这种肿痛可能会持续数天，然后脓液排出后症状可暂时缓解，但容易反复发作。
流脓情况
间歇性流脓： 肛瘘患者的肛周会间断性地流出脓性、血性分泌物。在刚形成新的瘘管时，流脓量可能较多，随着时间推移，流脓量会逐渐减少。如果引流不畅，瘘管内脓液积聚，就会再次出现局部的红肿热痛等表现。脓液性质： 脓液初起时多呈脓性、稠厚，颜色黄白，有粪臭味。当瘘管通畅后，脓液会变得相对稀薄，呈淡黄色。
肿痛表现
周期性肿痛： 当肛瘘内口引流不畅时，会出现肿痛。一般是先是局部肿胀，然后疼痛逐渐加剧，呈持续性跳动性疼痛。这种肿痛可能会持续3 - 5天左右，之后如果脓液排出，肿痛会逐渐缓解。比如，有的患者在久坐、行走过多后，局部血液循环不畅，容易诱发肿痛发作。不同部位肛瘘的肿痛差异： 低位肛瘘的肿痛相对局限，而高位肛瘘的肿痛可能会放射到会阴部等部位，疼痛感觉相对更复杂一些。
瘙痒症状
肛周瘙痒： 由于肛瘘不断流出脓液，刺激肛周皮肤，会引起肛周瘙痒。患者会感觉肛周皮肤潮湿、瘙痒难耐，经常搔抓的话，还可能导致肛周皮肤破损、湿疹样改变等。长期的瘙痒会严重影响患者的生活质量，比如在工作、休息时都会受到干扰。而且搔抓过度还可能进一步加重皮肤损伤，增加感染的风险。
全身症状
低热表现： 当肛瘘发生急性感染时，患者可能会出现低热症状，体温一般在37.5℃ - 38℃左右。这是因为身体受到炎症刺激，免疫系统被激活，从而出现体温轻度升高的情况。如果肛瘘感染得不到控制，低热可能会持续存在，并且可能会伴有乏力等全身不适症状。消瘦与贫血： 长期反复发作的肛瘘，患者可能会出现消瘦、贫血等情况。因为脓液不断流出，身体营养物质流失，再加上炎症的消耗，患者会逐渐消瘦，同时可能会出现面色苍白、头晕等贫血表现。