13价肺炎疫苗常见的不良反应主要有局部反应、全身反应以及罕见的严重过敏反应等情况。一般来说，大部分不良反应比较轻微，多在短时间内自行缓解。
局部反应：常见的局部不适
注射部位红肿：接种13价肺炎疫苗后，部分接种者可能在注射部位出现红肿现象，通常红肿范围比较局限，直径一般在2 - 5厘米左右，多数在1 - 3天内会逐渐消退。注射部位疼痛：有些宝宝接种后会感到注射部位疼痛，不过这种疼痛大多比较轻微，一般不需要特殊处理，宝宝通常在1 - 2天内就不会再明显感觉到疼痛了。
全身反应：可能出现的身体整体反应
发热：接种后可能会出现发热情况，一般以低热为主，体温多在37.5 - 38.5℃之间，这种低热通常会持续1 - 2天左右。不过也有少数宝宝可能出现中度发热，体温在38.5 - 39℃之间，但一般也能在较短时间内恢复正常。烦躁不安：部分宝宝接种后可能会变得比平时烦躁不安，这可能是因为身体出现了一些不适感觉，但一般也是短暂的，随着身体对疫苗反应的消退，宝宝的情绪会逐渐恢复正常。
罕见严重反应：需密切关注的情况
严重过敏反应：虽然非常罕见，但也有个别接种者可能出现严重过敏反应，如呼吸困难、面部肿胀、荨麻疹大面积出现等。一旦出现这些严重过敏反应，必须立即就医进行抢救处理。不过这种严重过敏反应发生的概率极低，大概在百万分之一甚至更低的概率。持续哭闹不止：极少数宝宝接种后可能会出现持续哭闹不止的情况，超过2 - 3天仍无缓解迹象，这时候家长就需要带宝宝及时就医检查，排查是否是疫苗引起的异常反应。