阴茎上长小痘痘的原因可能包括有过不洁性生活、皮脂腺囊肿、尖锐湿疣等。
一、不洁的性生活：在进行性生活时，如果不重视双方的卫生，就很可能引发局部的炎症反应。对此，应做好局部卫生工作，可用温水清洗局部，以缓解症状。
二、皮脂腺囊肿：当阴囊部位的皮脂腺开口被堵塞，皮脂内容物蓄积时，会形成皮脂腺囊肿，进而导致局部出现小痘痘样现象。可通过手术切除来治疗，比如选择微创手术或激光手术等方式。
三、尖锐湿疣：这是由人乳头瘤病毒感染引起的，且会通过性生活传播。通常会使局部出现小痘痘，同时伴有瘙痒症状。可采用冷冻的方法治疗，冷冻能使局部冷却到一定温度，使其失去活性从而达到去除目的。
此外，也不能排除阴茎上长肿瘤的可能。总之，要根据具体原因来采取相应的治疗方案。