扁平疣主要是由人乳头瘤病毒（HPV）感染引起的，其中以HPV - 3型等为主。据统计，HPV感染后有一定几率引发扁平疣。
病毒传播途径：
直接接触传播： 比如与扁平疣患者直接皮肤接触，就有可能被感染。要是和患者共用毛巾、搓澡巾等个人物品，也存在感染风险。间接接触传播： 接触了被HPV污染的物品，像公共浴池的坐椅、公共卫生间的门把手等，也可能感染病毒从而引发扁平疣。
自身因素影响：
免疫力低下： 当人体免疫力比较低的时候，比如长期熬夜、过度劳累、患有慢性疾病等情况，身体对HPV的抵御能力下降，就更容易感染HPV进而患上扁平疣。例如，长期熬夜的人，其免疫系统功能会受到影响，感染HPV引发扁平疣的几率相对较高。皮肤破损： 皮肤出现微小破损时，HPV更容易侵入皮肤细胞。比如搔抓皮肤导致皮肤破损，此时若接触到HPV，就增加了感染的可能性。
易发人群特点：
青少年群体： 青少年的免疫系统还在发育阶段，相对比较脆弱，所以是扁平疣的高发人群之一。他们在学校等集体环境中，接触病毒的机会相对较多，更容易受到HPV感染而引发扁平疣。皮肤敏感人群： 本身皮肤比较敏感的人，皮肤屏障功能可能相对较弱，对外界病毒的抵御能力较差，也更容易感染HPV患上扁平疣。比如一些患有特应性皮炎的人，皮肤屏障受损，感染HPV引发扁平疣的风险就会增加。