如果是规律性的作痛，那么就是宫缩，这提示是临产征兆，孕妇需要及时入院待产。而要是不规律性的作痛，则可能是肠道痉挛或者是卵巢囊肿扭转破裂。在孕晚期39周时，小腹隐隐作痛是子宫收缩所导致。子宫收缩在39周时就已经开始出现了，孕妇对于宫缩的主观感受便是小腹隐隐作痛，其会从不规律逐渐发展为规律。
一、临产征兆：
1.孕妇应尽快入院待产。在这期间，孕妇可以选择听一些自己喜爱的音乐来缓解因宫缩而产生的紧张情绪，此时应尽量听柔和或节奏欢快的音乐，这样能给胎儿传递出一种愉快和舒畅的心情。
2.同时要注意休息，在怀孕晚期避免攀爬高处和提拉重物，保持规律的生活饮食，维持心情舒畅，适当进行运动，这有利于顺产。
二、肠道痉挛：
1.肠痉挛通常是由于胃肠道受凉引起的，有些是因为食用过冷食物受到刺激导致的，还有些是因为吹到了一些冷空气而引发的。
2.这种情况一般不需要特殊治疗。此时，孕妇可以喝些热水，温暖腹部，并且适当按摩腹部。经过这些简单的调理，肠痉挛的一般状况通常会得到改善。
三、卵巢囊肿扭转破裂：
1.在孕晚期如果发生卵巢囊肿破裂，我们需要判断肿瘤的性质。如果怀疑有恶变，那就需要进行手术治疗。
2.如果是纯囊性囊肿破裂，多数情况下是巧克力囊肿，一般采取保守治疗，通常就能够好转。当然，在孕晚期临近预产期时发生卵巢囊肿破裂，我们可以在剖宫产的同时进行囊肿剥除，对局部创面进行缝合。在遇到这种情况时要及时就医，切不可自行治疗。
总之，孕晚期39周小腹隐隐作痛可能有不同原因，要根据具体情况进行相应处理，孕妇及家属要密切关注身体变化，如有异常及时就医。