阴茎根部长了三个肉粒可能是由多种原因引起的，以下是一些可能的情况：
1.尖锐湿疣：这是一种由人乳头瘤病毒（HPV）感染引起的性传播疾病。肉粒通常呈菜花状或乳头状，颜色可能为灰色、白色或粉红色。尖锐湿疣可能会逐渐增多、增大，并伴有瘙痒或疼痛。如果怀疑是尖锐湿疣，应及时就医，医生可能会进行醋酸白试验、HPV检测等确诊，并根据病情给予冷冻、激光、手术或药物治疗。
2.阴茎珍珠疹：这是一种良性的皮肤病变，常见于青壮年男性。肉粒通常排列成一行或多行，环绕在阴茎冠状沟边缘，颜色多为珍珠状白色。阴茎珍珠疹一般无自觉症状，对健康无影响，通常不需要治疗。如果肉粒较大、影响美观或有其他不适，可以考虑激光、冷冻等治疗方法。
3.皮脂腺异位症：这是一种皮脂腺的生理变异，可能与青春期内分泌变化、局部刺激等因素有关。肉粒通常为黄色或白色的丘疹，质地柔软，无明显症状。皮脂腺异位症一般不需要治疗，如果肉粒较多或有感染等情况，可以使用抗生素软膏治疗。
4.其他原因：阴茎根部长肉粒还可能是脂肪瘤、传染性软疣、鲍温样丘疹病等原因引起。
需要注意的是，以上只是一些可能的原因，具体情况需要通过医生的详细检查和诊断来确定。如果发现阴茎根部长了肉粒，应及时就医，避免自行挤压、搔抓，以免导致感染或病情加重。同时，保持局部清洁卫生，避免不洁性行为，有助于预防疾病的发生。