HPV疫苗出现所谓“后遗症”的情况非常罕见。大量临床研究表明，HPV疫苗总体安全性良好。据长期随访数据显示，接种HPV疫苗后出现的一般不良反应多为轻微的局部反应，如接种部位红肿、疼痛等，全身反应如乏力、低热等，这些反应通常在1 - 2天内可自行缓解，严重的不良反应发生率极低。
局部反应情况
接种部位红肿： 接种HPV疫苗后，少数人会出现接种部位红肿现象，一般红肿范围较小，直径多在2 - 5厘米左右，通常不需要特殊处理，保持局部清洁干燥即可，多数在数天内消退。接种部位疼痛： 部分接种者会有接种部位疼痛感觉，疼痛程度一般较轻，类似轻微的针刺样疼痛，大多在接种后1 - 3天内缓解，不影响正常生活。
全身反应情况
乏力： 个别人接种后会出现乏力症状，一般程度较轻，不影响日常活动，多数在接种后1 - 2天内恢复正常体力。低热： 极少数人可能出现低热情况，体温多在37.1 - 37.5℃之间，持续时间较短，一般1 - 2天体温可自行恢复正常，通常也无需特殊治疗，注意休息、多饮水即可。
严重不良反应情况
过敏反应： 严重过敏反应极为罕见，一旦发生可能出现呼吸困难、面部肿胀、皮疹广泛等症状。但经过及时的抗过敏等救治措施，大多可以得到有效控制，不过这种情况需要医护人员紧急处理。目前大规模接种数据显示，严重过敏反应发生率低于百万分之一。神经系统反应： 非常罕见的神经系统反应如神经炎等，可能表现为肢体麻木、无力等，但这类情况发生率极低，且经过专业的医疗评估和相应治疗后，大部分也能逐步恢复。