作用机制方面
氯雷他定主要是与组胺竞争效应细胞上的组胺H1受体，从而抑制组胺引起的过敏反应，其作用机制与抗生素完全不同，抗生素是通过抑制细菌细胞壁合成、影响细菌蛋白质合成等方式发挥抗菌作用。
临床适应证方面
氯雷他定常用于缓解过敏性疾病相关症状，像过敏性鼻炎患者出现的鼻痒、喷嚏、流涕等症状，以及荨麻疹患者的风团、瘙痒等表现；而抗生素主要用于治疗细菌感染性疾病，例如青霉素类抗生素用于治疗链球菌等感染引起的疾病，头孢菌素类抗生素用于多种细菌感染的治疗。
药物结构与分类方面
氯雷他定的化学结构和抗生素有明显区别，在药物分类上归为抗组胺药类别，和抗生素分属不同的药物类别，有着不同的化学结构基础和作用靶点。
安全性与不良反应方面
氯雷他定常见的不良反应相对较轻，如乏力、头痛、嗜睡等；而抗生素可能会引起一些特定的不良反应，比如使用某些抗生素可能导致胃肠道反应、肝肾功能损害等不同类型的不良反应，且不同抗生素的不良反应特点有所差异。对于特殊人群，比如孕妇使用氯雷他定需谨慎，应在医生评估利弊后决定是否使用；而抗生素的使用在特殊人群如孕妇、儿童等也都有各自需要遵循的严格原则，要根据具体情况谨慎选择。