刚怀孕肚子疼腰疼可能由生理性因素引起，也可能与先兆流产、宫外孕等情况有关。
一、生理性因素：在怀孕初期，孕妇体内激素水平会发生显著变化，身体一时难以完全适应，这可能会对盆腔和腹腔造成刺激，从而导致肚子疼和腰疼的现象出现。
二、先兆流产：如果胚胎发育不稳定，出现少量胎盘与子宫内膜分离的情况，此时不仅可能有出血症状，还往往伴有肚子疼腰疼等表现。
三、宫外孕：当发生宫外孕时，腹腔受到刺激会使敏感度升高，进而引发肚子疼腰疼等症状。
总之，如果刚怀孕时出现明显不适症状，应尽快前往医院进行诊治，以便及时明确原因并采取相应的处理措施。