神经性消化功能紊乱的症状表现多样。一般来说，患者可能会出现消化系统相关症状，比如大约有50%左右的患者会有食欲不振的情况，表现为对食物缺乏兴趣，进食量明显减少。
消化系统症状表现
腹痛： 多为腹部隐痛或胀痛，疼痛部位不固定，可能在肚脐周围或者上腹部等区域，疼痛程度轻重不一，有的患者疼痛较轻，只是偶尔感觉腹部不适，有的则可能疼痛较为明显，但一般不会出现剧烈的绞痛。腹胀： 患者会感觉腹部胀满，尤其是在进食后腹胀感更明显，有时还可能伴有腹部膨隆的表现，自己能明显感觉到肚子比平时鼓。
胃肠道功能紊乱表现
恶心呕吐： 部分患者会出现恶心的感觉，严重时可能会伴有呕吐，呕吐物多为胃内的容物，一般不会有胆汁等其他异常物质，呕吐的频率不定，有的可能偶尔发生，有的则可能较频繁。排便异常： 有的患者会出现腹泻症状，大便次数增多，质地较稀，可能一天会排便3 - 5次甚至更多；而有的患者则会出现便秘情况，大便干结，排便困难，几天才排便一次。
全身伴随症状
精神方面： 患者可能会伴有精神症状，比如焦虑、抑郁等情绪问题，有的患者会经常感到心情烦躁、不安，情绪低落，对周围事物缺乏兴趣。大约有30% - 40%的神经性消化功能紊乱患者会出现不同程度的精神情绪改变。睡眠障碍： 很多患者会有睡眠方面的问题，出现入睡困难、睡眠浅、易惊醒等睡眠障碍，长期的睡眠不好又会反过来加重消化功能紊乱的症状，形成一个恶性循环。