衣原体感染主要是由衣原体这种微生物引起的。衣原体分为沙眼衣原体、肺炎衣原体等不同类型，不同类型的衣原体感染病因有所差异。
沙眼衣原体感染病因
性接触传播： 沙眼衣原体是引起性传播疾病的常见病原体之一，在无保护措施的性接触中，很容易发生传播。例如，有研究发现，在性活跃的人群中，通过无保护的性行为感染沙眼衣原体的风险较高。母婴传播： 孕妇若感染沙眼衣原体，在分娩过程中，婴儿通过产道时可能会被感染，从而引起新生儿眼炎或肺炎等疾病。
肺炎衣原体感染病因
空气飞沫传播： 肺炎衣原体主要通过空气中的飞沫进行传播。当感染者咳嗽、打喷嚏时，含有肺炎衣原体的飞沫会悬浮在空气中，其他人吸入后就有可能被感染。比如在人群密集的场所，如学校、办公室等，容易发生肺炎衣原体的传播。密切接触传播： 与肺炎衣原体感染患者密切接触，也可能增加感染风险。例如，家庭中如果有成员感染了肺炎衣原体，在共同生活、接触过程中，就可能将病原体传播给其他家庭成员。
鹦鹉热衣原体感染病因
接触受感染的鸟类： 鹦鹉热衣原体主要通过接触受感染的鸟类而传播。像鹦鹉、鸽子等鸟类可能携带鹦鹉热衣原体，人们在接触这些感染的鸟类时，比如饲养、清理鸟舍等过程中，就有可能吸入含有衣原体的粉尘或接触到受污染的物体表面，从而被感染。例如，有报道称，从事鸟类养殖或相关工作的人员感染鹦鹉热衣原体的几率相对较高。