甲状腺结节做手术能否根除与其性质有关，存在个体差异，需依患者具体病情判断。具体如下：
一、良性甲状腺结节：多数甲状腺结节为良性，手术通常可根除。可先进行甲状腺彩超检查，若结节较小且患者平时无症状，对身体无影响，则此类良性结节无需手术，每3-6个月随访一次即可。但当结节增长较快或患者出现压迫症状时，就需要手术进行根治治疗。
二、恶性甲状腺结节：如甲状腺癌等，结节性甲状腺癌恶性程度不高，手术是治疗方式之一，但不一定能完全根治，早期治疗根治的可能性越大。根据患者具体情况，手术同时需配合药物治疗，如服用甲状腺素片，目的是抑制人体促甲状腺激素TSH的分泌，以抑制甲状腺癌发展，部分患者还需配合甲状腺核素、放疗等方法以达根治效果。部分晚期患者，手术不能彻底根除甲状腺结节，有复发可能，需定期随访。
总之，甲状腺结节手术的效果因结节性质而异，良性结节手术根除的可能性较大，恶性结节则需综合多种治疗方法且要关注复发情况。