孕晚期肛门疼存在生理性和病理性两种原因。
一、生理性原因：在孕晚期，胎儿会对盆腔肌肉或盆腔神经形成压迫，进而使得肛周肌肉以及坐骨神经出现疼痛，从而表现为肛门疼。这种疼痛难以避免，不过孕妇可以通过在睡觉时适当采取左侧卧的姿势来减轻胎儿对盆腔的压迫，一般在分娩后，此类症状会自行消失。
二、病理性原因：孕晚期由于胎儿对盆腔的压迫，会导致静脉回流受到阻碍，从而造成肛内静脉丛末端膨大，引发痔疮，同时肛周细菌感染引发炎症，发展成肛周脓肿等情况，这些都会导致肛门疼。一般可以采用温水或高锰酸钾进行坐浴，如果有必要，可遵循医嘱在肛门涂抹不含麝香成分的痔疮膏或抗菌药膏等来进行治疗。
总之，孕晚期肛门疼要分清原因，生理性的可通过一些方式缓解，病理性的则需根据具体情况进行相应治疗。