肛窦炎主要症状表现为肛门部的不适等，一般来说，患者会感觉肛门内有坠胀感，尤其在排便后这种坠胀感可能更明显，有的患者还可能出现肛门疼痛，疼痛程度不一，有的是轻微隐痛，有的可能较为明显。
局部疼痛表现
肛管坠胀疼： 肛窦炎常导致肛管部位有坠胀样的疼痛，这种疼痛在久坐、久站或者排便后可能会加重。比如患者长时间坐着工作后，会明显感觉到肛门处有坠胀不适。刺痛感： 当粪便通过肛门时，粪便刺激发炎的肛窦，会产生刺痛感，就像有东西扎着一样，排便时这种刺痛感可能会比较明显。
排便相关症状
便意频繁： 患者会频繁产生便意，总是觉得肛门有东西没排干净，但是真正去排便时，排便量却不多。例如有的患者一小时内可能要跑几次厕所，但每次排便量很少。粪便异常： 部分患者的粪便可能会带有少量黏液，这是因为发炎的肛窦刺激肠道分泌增加所致。有时候粪便表面还可能有少量血迹，不过一般出血量较少。
局部体征表现
肛门指检异常： 医生进行肛门指检时，能感觉到肛门内的肛窦部位有压痛感，用手指按压相应区域，患者会有明显的疼痛反应。肛窦外观改变： 通过肛门镜检查可以发现，肛窦部位充血、水肿，正常的肛窦形态变得不清晰，有的肛窦还可能出现红肿、渗出等情况。