鼻囊肿可能引发多种症状，具体因囊肿类型等而异。
鼻窦黏液囊肿症状
鼻窦黏液囊肿较大时，可致面部肿胀、疼痛，还可能引起鼻塞，影响鼻腔通气，若压迫周围结构还可能导致眼部不适，如眼球移位等。常见于筛窦、上颌窦等部位，多因窦口阻塞，分泌物潴留致窦腔扩大、骨壁受压吸收。
黏膜囊肿症状
一般较小的黏膜囊肿可能无明显症状，较大者可出现单侧鼻塞，有时可伴有头痛，多位于囊肿所在部位的局部，因囊肿增大占据鼻腔空间引起。常发生于上颌窦，多与鼻窦黏膜腺管阻塞有关。
牙根囊肿症状
牙根囊肿是由牙根感染、牙髓坏死，进而形成根尖周围囊肿，可出现患侧牙痛、牙龈肿胀，若囊肿较大可导致面部相应部位膨隆，还可能影响牙齿的正常功能，多与牙齿的根尖周病变相关。
鼻前庭囊肿症状
鼻前庭囊肿主要表现为鼻前庭部或鼻翼附着处肿胀，若囊肿较大可引起鼻塞，囊肿继发感染时可出现疼痛、红肿等表现，多因鼻腔底或前庭的黏液腺管阻塞，分泌物潴留所致，多见于女性。