水泡型脚气是由真菌感染引起的，治疗时可通过一般治疗、药物治疗等方式。一般来说，规范治疗后能缓解症状，通常需要数周时间。
一般治疗方面
保持脚部清洁干燥： 每天至少用温水清洗脚部1 - 2次，洗完后要彻底擦干，尤其是脚趾间。可以选择透气性好的棉质袜子和鞋子，尽量让脚部保持干爽环境，因为真菌在潮湿温暖的环境中容易滋生，保持干燥能抑制真菌生长。避免搔抓： 水泡型脚气会让脚部瘙痒难耐，但一定要避免用手搔抓水泡，否则可能导致水泡破裂，引发继发感染。如果不小心弄破水泡，要及时用碘伏等消毒剂进行局部消毒处理。
药物治疗方面
外用抗真菌药物： 可以使用硝酸咪康唑乳膏，它能抑制真菌细胞膜的合成，从而发挥抗真菌作用。涂抹时要注意覆盖到整个受感染区域，一般每天使用2次，连续使用2 - 4周左右，具体时间根据病情严重程度而定。还有联苯苄唑乳膏，同样具有抗真菌功效，能有效抑制真菌的生长繁殖，使用方法也是每日外用1次。口服抗真菌药物： 如果水泡型脚气比较严重，外用药物效果不佳时，可在医生指导下考虑口服抗真菌药物，如伊曲康唑胶囊。但口服抗真菌药物有一定的禁忌和注意事项，比如肝功能不全者要慎用，因为药物需要通过肝脏代谢，可能会加重肝脏负担。不过一般情况下，规范使用能起到较好的抗真菌效果来治疗水泡型脚气。
生活习惯调整方面
单独使用个人物品： 患者使用的毛巾、拖鞋、洗脚盆等个人物品要单独放置，并且定期进行消毒处理。可以用开水烫洗拖鞋、洗脚盆等，毛巾可以用热水煮沸消毒或者用含氯的消毒剂浸泡消毒，防止与他人共用物品造成交叉感染，因为真菌可以通过这些物品传播给其他人。注意公共场所卫生： 在公共浴室、游泳池等公共场所要格外注意卫生，尽量不穿公用拖鞋，避免赤足在公共区域行走，防止再次感染真菌引发水泡型脚气。