新生儿眼底筛查一般情况下不会产生危害，但操作不当可能引发多种问题，主要包括以下几种。
一、眼睑损伤：
眼底筛查主要是为了查看新生儿视网膜的发育状况。在进行该项检查时会用到扩眼器，如果操作不恰当，就有可能导致眼睑出现损伤。所以在检查过程中必须要操作规范且动作轻柔，以预防这种症状的出现。
二、结膜炎：
新生儿出生后机体免疫力相对较低，而眼底检查属于侵入性操作，如果没有严格遵循无菌操作，就可能使结膜发生感染。对此，可在医生指导下使用红霉素眼膏、注射用头孢唑林钠注射液等药物进行处理。
三、结膜出血：
在进行眼底检查时通常需要进行表面麻醉，在麻醉过程中若操作有误可能会引起结膜出血。因此，操作时要格外轻柔，并且在操作结束后应使用眼药水进行治疗，以避免出现异常情况。
此外，还可能会导致视网膜病变等情况，需要选择合适的方式予以缓解。总之，要重视新生儿眼底筛查的操作规范和注意事项，以减少不良情况的发生。