鸿茅药酒曾被宣称有多种保健功效，但从循证医学角度看，它并没有被科学证实有特殊的治疗作用。目前并没有可靠的科学研究能明确表明鸿茅药酒能针对某种特定疾病起到确切且显著的治疗效果。
从药品审批角度看
鸿茅药酒属于中成药，它是经过药品审批上市的，但它的功效是基于传统中药组方。然而，其宣传的一些超出常规中药合理范畴的广泛功效并没有充分的现代医学证据支撑。它的审批是基于其药物组成的传统应用等，但不能等同于有确切的治疗疾病的作用。
从临床研究角度
目前公开的高质量临床研究并没有证实鸿茅药酒能像其过度宣传的那样对多种病症有特效。很多所谓的“保健”效果缺乏严格的双盲对照等临床研究验证。比如，没有足够多的临床数据能表明它对风湿、关节炎等病症有可靠的治疗作用。
从安全风险方面
鸿茅药酒含有多种中药成分，不同人对其中成分可能存在个体差异的不良反应风险。而且，如果将其当作治疗药物过度依赖，可能会延误正规疾病的治疗。例如，一些患有严重疾病的患者，若单纯依靠鸿茅药酒而不进行规范的医疗诊治，可能会使病情加重。同时，对于一些特殊人群，如孕妇、儿童等，鸿茅药酒中的成分可能会带来潜在的健康风险，目前也没有针对这些特殊人群的充分安全研究来证实其绝对安全。