灰指甲主要通过药物治疗和非药物治疗来改善，药物治疗中常用的有外用药物和口服药物。一般来说，外用抗真菌药物治疗灰指甲，疗程相对较长，可能需要几个月时间；口服抗真菌药物见效相对快些，但要注意药物的副作用等。
外用药物治疗
局部涂抹类：常用的有阿莫罗芬搽剂，它可以渗透进甲板，抑制真菌生长。使用时要先清洁病甲，然后将搽剂均匀涂抹在病甲上，一般一周使用1 - 2次。不过，外用药物治疗的起效比较慢，而且对于严重的灰指甲可能效果有限。复方制剂类：像环吡酮胺乳膏等复方制剂，也可用于灰指甲的外用治疗。使用时同样需要先处理病甲，然后涂抹药物覆盖病甲及周围皮肤，每天使用1 - 2次。但要注意，使用过程中如果出现局部皮肤刺激、红肿等不适症状，应及时停药并就医。
口服药物治疗
伊曲康唑：属于口服抗真菌药，采用冲击疗法，即服用一周，停药三周为一个疗程，一般需要2 - 3个疗程。它通过抑制真菌细胞的麦角固醇合成，从而发挥抗真菌作用。不过，服用伊曲康唑前需要检查肝功能，因为它可能会对肝脏有一定影响，有肝脏疾病的患者要谨慎使用。特比萘芬：也是常用的口服抗真菌药，一般每天服用一次，连续服用的时间根据病情而定，通常手指甲灰指甲需要连续服用6 - 12周，脚趾甲灰指甲需要连续服用12 - 16周。同样，服用前也需要关注肝功能情况，而且孕妇和哺乳期妇女一般不建议使用。
非药物治疗方法
手术拔甲：对于单发的灰指甲，可以考虑手术拔甲。但手术拔甲创伤比较大，术后恢复需要一定时间，而且术后可能会有疼痛、出血等情况，同时也存在复发的可能，现在一般较少采用，更多是作为其他治疗无效时的一种选择。激光治疗：利用特定波长的激光照射病甲，破坏真菌生存的环境，从而达到治疗灰指甲的目的。激光治疗相对比较安全，痛苦小，但可能需要多次治疗才能取得较好的效果，而且费用相对较高。