慢性结肠炎的用药需根据具体病情来定。一般常用的药物有氨基水杨酸制剂，像柳氮磺吡啶，它能在肠道内分解出5-氨基水杨酸，抑制炎症反应，不过可能会有恶心、呕吐等不良反应，且对磺胺过敏者禁用。
氨基水杨酸制剂类药物
美沙拉嗪： 有口服制剂也有栓剂、灌肠剂等。口服美沙拉嗪可用于轻中度慢性结肠炎的治疗，栓剂和灌肠剂适用于病变局限在直肠、乙状结肠的患者，使用时要注意可能出现头痛、腹泻等不适，对水杨酸类药物过敏者不能用。
糖皮质激素类药物
泼尼松： 对于氨基水杨酸制剂疗效不佳的中重度慢性结肠炎患者可考虑使用。但长期使用可能会引起向心性肥胖、骨质疏松、免疫力下降等问题，有高血压、糖尿病、胃溃疡等疾病的患者要谨慎使用，而且不能突然停药，需在医生指导下逐渐减量。氢化可的松： 重症慢性结肠炎患者可能会用到静脉剂型，使用过程中要密切监测血糖、血压等指标，长期使用同样会有上述糖皮质激素相关的不良反应。
免疫抑制剂类药物
硫唑嘌呤： 适用于对糖皮质激素治疗效果不佳或依赖的慢性结肠炎患者。用药期间要定期检查血常规、肝功能等，可能会出现骨髓抑制、肝损害等不良反应，孕妇禁用。巯嘌呤： 作用机制与硫唑嘌呤类似，也可用于慢性结肠炎的治疗，同样要注意血液系统和肝脏的不良反应，对6-巯基嘌呤过敏者禁用。此外，还有一些益生菌类药物可辅助治疗慢性结肠炎，比如双歧杆菌四联活菌片，它能调节肠道菌群，改善肠道微生态环境，但服用时要注意不能用过热的水送服，以免影响药效。在用药时，患者要遵循医生的指导，根据自身病情选择合适的药物，并且要注意观察用药后的反应，如有不适及时就医调整治疗方案。